MTs NU Nurul Ulum merupakan satu-satunya Madrasah Tsanawiyah tertua di wilayah Jekulo. Secara embrional ide untuk mendirikan madrasah tersebut di latar belakangi oleh beberapa hal:
- Mengingat banyaknya Madrasah Ibtidaiyah (MI) yang ada di lingkungan Kecamatan Jekulo khususnya, namun pada saat itu pun belum ada Madrasah Tsanawiyah.
- Ditawarkan sebidang tanah wakaf beserta gedungnya oleh Bp. H. Basyir kepada Bp. H. Ahmad Basyir, Bp. Kyai. H. Khalimi, dan Bp. Nasikhun Assidqi, BA.
- Adanya keinginan yang kuat untuk mendirikan pendidikan Islam lewat sekolah formal demi bekal di hari esok untuk tegaknya syaria‟at.
Berpijak dari hal tersebut di atas, maka para ulama memandang perlu merasa terpanggil untuk mendirikan lembaga pendidikan Tsanawiyah. Berdasarkan latar belakang tersebut diatas, maka pada hari Ahad pon tanggal 27 Muharom 1370 H. Bertepatan dengan tanggal 5 April 1970 M. Berdirilah lembaga pendidikan tingkat jurusan keagamaan (diniyyah) dalam wilayah Kecamatan Jekulo
Kabupaten Kudus dengan struktur organisasi kepengurusan :
1) Pelindung
I Bp. H. Basyir
II Bp. Kyai.Muhammad
III Bp. Kyai Khudori
IV Bp. Sucipto
2) Ketua
I Bp. Kyai H. Khalimi
II Bp. Kyai Kholil
3) Sekretaris
I Bp. Kyai H. Ahmad Basyir
II Bp. Madkhan Husain
4) Bendahara
I Bp. Muslih Suhalan
5) Pembantu Umum
I Bp. Kyai. Machin Dahlan
II Bp. Kyai. Ahmad Sidiq
III Bp. Su‟aidi Azharudin
IV Bp. Nasikhun Assidiqi
V Bp. Hasyim Alkudsi
Dengan terbentuknya susunan pengurus di atas maka secara konsisten Madrasah Tsanawiyah tersebut diberi nama “Nurul Ulum” yang berarti pelita-pelita ilmu pengetahuan.
Maka ditunjuklah Bapak Kyai Kholil kasyir sebagai kepala sekolah yang pertama periode tahun 1970. Tujuan utama didirikannya yayasan pendidikan ma‟arif NU adalah menyelenggarakan pelaksanaan pendidikan masyarakat sebagai perwujudan amaliyah sesuai dengan ajaran islam,
turut membantu pemerintah dalam rangka menyediakan sarana dan prasarana pendidikan SLTP Kudus. Pada tahun 1970 merupakan lembaran pertama menuju ke jenjang yang tiada batas. Ternyata langkah perdana ini, dengan ridhlo dan pertolongan Allah, dengan
penuh usaha dan ketawakalan bapak Kyai Khalil Yasir sebagai rais madrasah, pendaftaran murid baru dapat
mencapai 22 siswa. Untuk pemerataan pendaftaran murid jabatan sebagai rais madrasah, maka setahun kemudian Bapak Kiyai Khalil digantikan Bapak Kiyai Machin Dahlan. Secara realita pada periode tahun 1791 pendaftaran murid baru bertambah yaitu mencapai 24 siswa.
Berdasarkan konsistensi para pengurus dan dewan guru, maka rois madrasah diserahkan kepada bapak K.H. Ahmad Basyir untuk periode 1972-1977 dengan dibantu bapak Nasikun As-Sidqi, BA selaku wakilnya. Kemudian pada tahun 1978 rois madrasah dilimpahkan kepada Bapak Makmun selaku guru dari Dinas dari Depag sampai tahun 2004. Dan pada tahun 2004 kepala Madrasah diserahkan
kepada Bapak Drs. H. As‟ad Abdul Ghoni sampai tahun 2007. Mulai pada tahun 2007 madrasah dilimpahkan kepada Bapak H. M. Jazuli Basyir S.Ag, M.H., samapai 2011. Kemudian jabatan dilimpahkankepada Bapak H. M. Alamul Yaqin, M.H., sampai sekarang. Alhamdulillah perkembangan MTs NU Nurul Ulum dari tahun ke tahun mengalami kemajuan baik fisik bangunan maupun segi kuantitas dan kualitas yang didukung dengan fasilitas yang sudah representatif.